1. No seu atalho do CS, na linha de comando coloque o seguinte comando:
-window
De de um espaço antes.

2. Abra agora o Counter-Strike, e feche .

3. Vá ate o seu atalho do CS, e desfaça o primeiro passo, retirando da linha de comando o :
-window

4. Entre no CS, e vá em:
Configuration > Videos > Modes
Escolha uma resolução menos que a sua do ambiente Windows.
Ex: Se no windows você usa 1024x768, escolha no CS 800x600.
Feche o CS, e pronto, está configurado.

Caso queira remover e voltar ao normal, jogar cs em tela cheia novamente:
Abra o CS, vá em:
Configuration > Videos > Modes
Lá desmarque o campo "Run in a Window".